Vroeger
Van 1975 tot 1979 is het gebouw volledig gerestaureerd en kreeg het een definitieve bestemming als expositieruimte van de dienst Ruimtelijke Ordening. Vanaf 1992 was het een informatiecentrum voor ruimte en bouwen en wonen van de Gemeente Amsterdam.

Heden
Vanaf begin 2011 is het gebouw tijdelijk de uitvalsbasis van het Nationaal Historisch Museum. Momenteel wordt de Zuiderkerk ingezet als unieke verhuurlocatie voor particuliere en zakelijke evenementen. Bijvoorbeeld voor: huwelijken, diners, congressen, lezingen, vergaderingen en concerten.